Ungerhausen ist aus einem Maierhof entstanden; die ersten Häuser wurden am Hungerbach erbaut. Es sollen etwa fünfzehn Gebäude gewesen sein, dazu eine gotische Kirche, deren Chor aus dem 15. Jahrhundert heute noch als St.-Johann-Kapelle etwa 500 m südwestlich vom Dorf auf freiem Feld steht.
Im Jahr 972 ist das Dorf erstmals urkundlich erwähnt unter dem Namen Husen. Gesichertes Quellenmaterial für die Besitzverhältnisse in Ungerhausen bieten aber erst die Urkunden des 14. Jahrhunderts, die eine planmäßige Erwerbspolitik des Memminger Spitals erkennen lassen. Im Jahr 1430 erwarb das Oberhospital das Vogtrecht aus dem Zehnten und dem Widdum. Zwischen 1415 und 1466 hat sich auch das Kloster Ottobeuren in Ungerhausen festgesetzt. Vorübergehend war die Reichsstadt Herrschaftsinhaber des Dorfes, das 1503 für fast ein Jahrhundert in den Besitz der Patrizierfamilie Vöhlin überging. Im Jahr 1594 erwarb Ottobeuren das Dorf Ungerhausen mit allen niedergerichtlichen Rechten um 55 200 Gulden.

Etwa zwei Dutzend bäuerliche Anwesen des Dorfes bestehen seit etwa 1600, mehrere seit dem 17./18. Jahrhundert. Die alte Pfarrkirche St. Johann Baptist wurde 1733 bis auf den spätmittelalterlichen Chor abgerissen. Die Grundsteinlegung zum Neubau nach dem Plan von Simpert Kraemer erfolgte 1734. Vier Jahre später wurde die Kirche eingeweiht.